Acesso ao Inscer LAD:
| ssh usuario@192.168.1.79 ssh usuario@inscer.lad.pucrs.br |
Para organizar o ambiente do seu usuário, basta executar o comando source da aplicação desejada (comandos listados abaixo) após a alocação de alguma máquina do Cluster, ou adicionar o comando no script BatchJob
Também é possível adicionar as linhas acima no seu arquivo .bashrc (no final do arquivo).
Antes de seguir recomenda-se a leitura do pdf acima.
1º - Transfira para o LAD somente os dados necessários para o pré-processamento (arquivos dicom são desnecessários):
Exemplo 1:
Transferir todo um projeto (previamente organizado) para o LAD:
| cd /media/DATA rsync -phav --relative GONDOLA --exclude='dicom.tar.gz' usuario@inscer.lad.pucrs.br:~/ |
Utilize essa opção quando o projeto é novo (recém criado), cujo os diretórios de sujeitos contenham apenas os arquivos NIFTI's. Observe que a flag --exclude vai evitar a transferência do dicom compactado de todos os sujeitos.
A flag --relative é importante, pois vai recriar toda a estrutura de pastas no destino, incluindo a própria pasta GONDOLA.
Importante: Sempre execute esse comando a partir do diretório DATA, pois se você digitar "--relative /media/DATA/GONDOLA", no destino será recriado toda essa estrutura, ou seja, sua home no LAD ficará /home/usuario/media/DATA/GONDOLA/...
Essas observações servem para todos os exemplos!
Exemplo 2:
Transferir uma visita específica de um projeto (previamente organizado) para o LAD:
| cd /media/DATA rsync -phav --relative GONDOLA/GON*/visit2 --exclude='dicom.tar.gz' usuario@inscer.lad.pucrs.br:~/ |
É possível utilizar * para varrer todas as combinações.
Exemplo 3:
Transferir todo um projeto (previamente organizado) para o LAD, evitando transferir algum diretório PROC:
| cd /media/DATA rsync -phav --relative GONDOLA --exclude='dicom.tar.gz' --exclude='PROC.RST' --exclude='PROC.MOT.BLOCK' usuario@inscer.lad.pucrs.br:~/ |
O comando acima vai transferir todo o projeto evitando as pastas PROC.RST e PROC.MOT.BLOCK de todos os sujeitos. Você pode inserir quantos --exclude quiser. Também poderia ser executado da seguinte forma, caso seja necessário evitar a transferência de todos os PROC's:
| cd /media/DATA rsync -phav --relative GONDOLA --exclude='dicom.tar.gz' --exclude='PROC.*' usuario@inscer.lad.pucrs.br:~/ |
2º - Realizar o processamento no cluster:
Se já foi transferido os diretórios, você deve agora executar o sript de pré-processamento dentro de algum cluster. Entre com a sua conta no LAD e copie um exemplo do arquivo BatchJob